目前，保护区管理处下设综合管理办公室、保护管理科、规划财务科及科研宣教科4个职能部门，二级机构温江寺、榆林铺、高桥铺、连云寺4个保护管理站；三级机构设高桥铺、榆林铺、瓦房坝、青龙寺、麻峪河、瓦店子6个巡护哨卡。